α-亚麻酸在体内可以直接进行分解代谢，其代谢产物作为人体细胞膜的组成成份，成为重要结构物质。α-亚麻酸在酶的作用下，生成一系列代谢产物，其中最重要的为DHA(二十二碳六烯酸)和EPA(二十碳五烯酸)等多不饱和脂肪酸及PG(前列腺环素)。
EPA可以衍生为PGG3，PGG3进而生成PGH3，PGH3又会生成TXA3、PGI3，PGI3也叫前列腺环素，它可以扩张血管、抑制血小板凝集、改善血液循环;TXA3又称血栓素(血栓素，是一种促进血液凝集的重要物质)，其作用与PGI3基本相同，可以阻止血管收缩和血小板凝集。作用机制与提升环磷腺苷(cAMP)的浓度有密切关系，因为cAMP可使血小板内环氧化酶的活性下降，从而使TXA2生成减少，防止血栓形成。
DHA和EPA是脑、视网膜等组织细胞膜的重要成份，它们选择性地渗入大脑皮质、视网膜、睾丸和精子等重要器官中，参与构成乙醇胺磷脂和神经磷脂。DHA和EPA参加到神经元细胞膜的磷脂中，使细胞膜的液态流动性增强，通透性提高，细胞充满活力。
DHA对大脑神经细胞的分裂、增殖、神经传导、突触的生长和发育起着极为重要的作用，是大脑形成和智商开发所必需。它对大脑的各项功能都有极大影响。
