微波杀菌是利用了电磁场的热效应和生物效应的共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质变化，使细菌失去营养，繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电位分布，影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，微波能使细菌正常生长和稳定遗传繁殖的核酸RNA和脱氧核糖核酸DNA，是由若干氢键松弛，断裂和重组，从而诱发遗传基因突变，或染色体畸变甚至断裂。
微波杀菌设备的特点是：
1、微波时间短、速度快
常规热力杀菌是通过热传导，对流或辐射等方式将热量从食品表面传至内部，要达到杀菌温度，往往需要较长时间。微波杀菌是微波能与食品及其细菌等微生物直接相互作用，热效应与非热效应共同作用，达到快速升温杀菌目的，处理时间大大缩短，各种物料的杀菌作用一般在3-5分钟。
2、微波低温杀菌保持营养成分和传统风味
微波杀菌是通过特殊热和非热的效应杀菌，与常规热力杀菌比较，能在比较低的温度和较短的时间获得所需的消毒杀菌效果。一般杀菌温度在75-80摄氏度，就能达到效果，此外微波处理食品能保留更多的营养成分和色、香、味、形等风味，具有膨化效果。如常规热力处理的蔬菜保留的维生素C是46％-50％，而微波处理是60％-90％；常规加热猪肝维生素A保持率为58％，而微波加热为84％。
3、微波设备节约能源
常规热力杀菌往往在环境及设备上存在热损失，而微波是直接对食品进行作用，因而没有额外的热能耗损。相比而言，一般可节电30％-50％。
4、微波杀菌均匀彻底
常规热力杀菌是从物料表面开始，然而通过热传导至内部，存在内外温差。为了保持食品风味，缩短处理时间。 往往食品内部没有达到足够温度而影响杀菌效果。由于微波肯有穿透作用，对食品进行整体处理时，表面和内部同时受到作用，所以消毒杀菌均匀彻底。
主要用于粉状、颗粒、片状等食品、药品、营养品、粮食、农副产品、肉干、肉脯、方便面、速食品、米粉的干燥、杀菌，杏仁、花生、红枣、桃仁、板栗的烘烤、膨化、杀菌、脱皮，酱菜、卤味、各种肉制品小包装的防霉、杀菌、保鲜，还用于科研院校的研究。
微波杀菌设备成功案例：
云南久啦昆明食品有限公司（麦苗粉的杀菌）
